MendelR版本迭代
(一)版本1.0
双样本单变量的MR分析代码 弃用 替换成mr_common()
1.mr_o2o()
2.mr_o2l()
3.mr_l2o()
4.mr_l2l()
(二)版本2.0
支持多种分析模式 支持vcf数据转换
MR联合meta分析
增加mr_presso方法 查看多效性
新增vcf转换
结果森林图可视化
(三)版本3.0
增加多变量MR 中介MR
1.mr_multi
2.mr_intermediary
新增计算单个SNP的R2和F值方法
激活方式 由原本的token激活 修改成使用激活码注册 开通不同权限的功能
增加阳性列表的快速查找方法
(四)版本4.0
mr_common 替换 mr_o2o mr_o2l mr_l2o mr_l2l
自动识别 是否是本地数据 或者 在线数据 不用再分成四个方法来调用了
增加了每一个步骤的数据检查
增加基因靶点的参数 可以实现药物靶点的mr分析
自动补齐本地数据中缺失的chr pos (染色体号 位点位置)
自动检索gene基因的BP范围
增加chr pos_start pos_end eaf_thershol gene build_version
用于更为严格的挑选snp数据(可以用于药物靶点的mr分析)
(五)版本5.0
更新smr方法
更新共定位方法
自动计算F值
查找阳性结果多线程
(六)版本6.0
异质性i2计算
本地clump
增加共定位GWAS-GWAS
增加共定位eQtl-GWAS
新增多变量本地和在线同时进行分析,不用从ieu上下载了
两样本、多变量、中介、药物靶点GWAS,全部支持在线、本地数据混合分析
新增fdr 解决假阳性问题
新增casue 解决水平多效性
新增Steiger方法 解决反向因果关系
新增smr分析中 .ma数据整理方法
新增RadialMR画出离群值图
新增mrlap 解决样本重叠率
一些说明:
ieu接口不稳定,而且目前学这个的同学很多,而且很多人在疯狂查找阳性列表,网络堵塞严重
如果报错中提示502 或者 503 ,可以从ieu将数据下载下来,然后转换vcf,本地clump 来进行分析