MendelR版本迭代
(一)版本1.0 双样本单变量的MR分析代码 弃用 替换成mr_common() 1.mr_o2o() 2.mr_o2l() 3.mr_l2o() 4.mr_l2l()(二)版本2.0 支持多种分析模式 支持vcf数据转换 MR联合meta分析 增加mr_presso方法 查看多效性 新增vcf转换 结果森林图可视化(三)版本3.0 增加多变量MR 中介MR 1.mr_multi 2.mr_intermediary 新增计算单个SNP的R2和F值方法 激活方式 由原本的token激活 修改成使用激活码注册 开通不同权限的功能 增加阳性列表的快速查找方法(四)版本4.0 mr_common 替换 mr_o2o mr_o2l mr_l2o mr_l2l 自动识别 是否是本地数据 或者 在线数据 不用再分成四个方法来调用了 增加了每一个步骤的数据检查 增加基因靶点的参数 可以实现药物靶点的mr分析 自动补齐本地数据中缺失的chr pos (染色体号 位点位置) 自动检索gene基因的BP范围 增加chr pos_start ...
孟德尔随机化学习流程
保存百度云链接开始学习后 课程老师会提供一个百度云链接 里面有完整的教程视频,课程内容按照序号学习
获取MendelR激活码找咨询的老师获取,这个激活码是激活MendelR包必备,同时也是学号,方便记录学员答疑问题
学习理论每个等级的教程,都会有相应的理论与代码实操,以及分析结果解读按照提供的百度云链接,可以先学习理论,同时也可以进行MendelR的部署,步骤不分先后遇到问题可以看答疑汇总答疑汇总
部署R环境按照博客内容部署R语言基本环境,R,Rstudio, Rtools部署R语言:部署R语言安装MendelR与激活:安装MendelR与激活
进行实操课程内有MrProject工程,使用这个工程内的示例代码进行实操,代码中有详细的注释,可以结合教程使用单独的网盘链接:链接:https://pan.baidu.com/s/13cENDBXQrBYGwkYtU3nrMg?pwd=2xf5提取码:2xf5
具体代码使用,请看配套课程里面的实操视频
1234567891011#基础两样本的代码library(MendelR)mr_common("ieu-a-2", & ...
孟德尔随机化答疑汇总
https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/brhhnt
远程操控指导
如果在安装或者使用R包过程中遇到的问题,需要远程协助的,可以按照以下步骤下载远程软件
并将远程控制代码和密码发给我们
下载精简版来控制即可,不用安装,打开即可运行
https://www.todesk.com/download.html
R详细安装流程
一、需要安装的内容
安装的是R版本在4.2.2以上,高于此版本不用重新安装
如果电脑本身安装了低于此版本的,需要先卸载,重新按照以下流程安装安装的位置建议在C盘以外的盘(比如D:/R/),建一个R的目录,存放所有的安装程序,这样不会占用C系统盘的位置所有的安装包安装到同一个目录即可
注意:安装路径一定不能有中文
1.R基础环境 –R的基础语言2.RTools工具包 –用于R包的编译工具3.RStudio编辑器IDE –用来编写代码的编辑器
安装的时候根据自己的系统来选择,以上三点都需要安装成功
二、R安装下载最新的R版本即可
但是**R版本中R4.3.1有严重的bug,不要安装,可以使用R4.3.0**
1.windows系统https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/old/
安装的时候一路点下一步,遇到安装目录选择自己新建的R目录
选择最新版本的下载即可
2.mac系统https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/macosx/base/m ...
MR分析包安装方法
MR包安装方法 每月更新
安装之前请先部署好本地的R语言环境,部署教程可以参考这个链接:点击打开
123456#安装代码 安装后如果要更新 只执行前两行代码devtools::install_github("flash0926/mrhelp", force=TRUE)mrhelp::install_mr() #安装完成后使用激活码注册 激活码只能使用一次MendelR::mr_register("123") #将括号内的123 替换成自己专属的激活码 激活一次即可
现有功能 四种数据来源分析方法一行代码输出文章需要的所有结果
12345library(MendelR)#线上本地数据都可以用这个方法mr_common("ieu-a-2", "ieu-b-2")#本地数据文件bmi(不需要带文件后缀)mr_common("bmi", "ieu-b-2")
查询能使用的方法 输出代码包能够使用的方法
1mrhelp::mr_use()
孟德尔随机化课程大纲
点击这个打开大纲链接大纲经常更新哦,可以收藏起来
如何联系?
bilibili: 会敲代码的科研人
微信:drcherish0926
小红书:Dr.cherish (包含文献分析,往期视频)
邮箱:675245820@qq.com
Hexo+Github托管个人博客教程
一、创建Github仓库首先要创建一个自己的仓库,根据下图红框步骤依次操作,注意仓库名字要用你github的用户名+.github.io这样才能通过这个域名来访问
二、安装本地环境然后进行我们的本地环境安装详细步骤如下,我们需要安装好对应的环境,然后将自己写的博客部署到github上,通过域名访问
1.node.jsnodo.js下载地址安装自己的平台即可,一路next就好安装成功后win+R CMD命令行 得到版本号即可
2.gitgit 下载地址下载完成后也是一路的next即可git –version同理也是输入这个检查版本有就可以了右键菜单存在这两个也可
3.Hexo在本地创建一个文件夹,用来存放所有的部署准备环境,以及博客文件在文件夹内,右键Git Bash Here,打开git命令行窗口依次输入hexo initnpm install成功后,文件夹内有这些文件,hexo的框架文件,其中_config.yml是配置文件,可以配置网站的一些标题,描述,作者等信息node_modules:依赖包scaffolds:生成Markdown文章的模板source:用命令创建的各种Mar ...
第一篇博客
这是我的第一篇博客,多谢大家的支持